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GO数据库

这里面的概念和KEGG分析概念完全一致，只不过数据库是不一样，

简单来说，不统一的基因描述




Go富集原理

富集因子
显著性

AgriGo 分析平台

目前使用不上，需要用的时候再来看。

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为什么需要超级几何分布检验

检验一组基因（差异表达基因）在某个功能类的显著性（p Value或q Value）

p值越小，说明富集效果越好

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下载视频

下载全部格式

youtube-dl –all-formats https://www.youtube.com/watch?v=hLQl3WQQoQ0
–all-formats ： 添加这个参数之后，所有存在的格式一扫而尽，统统下载；

查看该视频所有格式类型，只看不下载 -F或者–list-formats

–list-formats ： 这是一个列清单参数，执行后并不会下载视频，但能知道这个目标视频都有哪些格式存在，这样就可以有选择的下载啦！

youtube-dl –list-formats https://www.youtube.com/watch?v=hLQl3WQQoQ0

下载指定格式视频

-f + 编号：通过上一步获取到了所有视频格式的清单，最左边一列就是编号对应着不同的格式，例如我想下载22号那个mp4格式分辨率为1280*720的视频，则按下面的命令就可以轻松指定下载视频哦；

youtube-dl -f 22 http://www.youtube.com/watch?v=BlXaGWbFVKY

下载youtube字幕及视频

有的youtube视频是有字幕的可供下载的，但不是全部；如果过你想要下载字幕用这个脚本来操作也是很容易的；先来说说两个参数–write-sub：加入字幕文件 –all-subs：如果有字幕存在则全部下载

youtube-dl –write-sub –all-subs https://www.youtube.com/watch?v=0TjgZbVdOLA

读取下载链接列表文件

youtube-dl -a video_url.txt
这里的 -a 参数表示读取外部链接文件,video_url.txt为包含视频地址的txt文件，一个地址 。

直接下载最高清版本

如果你不想查看版本，直接下载最高清的版本，也可以直接用下面的命令

youtube-dl -f bestvideo+bestaudio https://www.youtube.com/watch?v=0TjgZbVdOLA

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富集分析概念

  • 基因功能注释： 通过基因的CDS或氨基酸序列与数据库（Nr）做系列比对，找出在数据库中与其最相似的，提取其功能注释信息作为该基因的功能注释
  • 常

用户登录名称 yjp@1858447101409070.onaliyun.com
AccessKey ID LTAI4Fra4zyQQSnn4geVNG4v
AccessKeySecret 1aJXo4atnDXPEYfNX1p6lrZJLK1a4y

  1. 933个差异基因可以在KEGG里面注释到，ko_ID是map的id
  2. gene 这一栏说明的是拟南芥3W个基因里面注释到pathway里面的基因数目。
  3. 7085是背景基因集。背景基因集就是拟南芥全部的3w个基因，可以在KEGG数据库注释到的基因。

我主要想只要：差异基因里面最主要参与哪个功能。

  • 看参与pathway的DEG，缺点是不准确，差异基因最多的通路不是我关心的通路。
  • 因此需要富集
    通路富集的富集因子，表示差异基因中注释到的某通路的基因比例与所有基因中注释到该通路的基因比例的比值。

什么是显著性

理解为评价指标，用超几何分布检验计算出来。

文章主要用显著性指标表示。通路富集的富集因子，用的不广泛。

在线富集平台

  • KOBAS

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  1. vue 会给后端发送一个API链接（应该是保存在list里面），Django根据获取的url进行get请求。会获取到两种格式的数据，csv和image
  2. 根据获取到的数据，在使用我提供的函数进行分析，