整体框架
按照主题进行分类,需要和植物进行一些关联。
黄老师发了很多关于因果关系的文章,但都是和真实的数据有关系,(类似基因共表达网络,)现在的pathway分析是没办法使用的。在写综述的时候可以不考虑这些,先把内容写进去,
阅读5篇相关博士论文,确定网络分析应用的领域
基因调控网络

- 共表达的方法(WGCNA)
 - 基于监督学习的方法
 - 基于图论的方法
 - 基于信息论的方法
 
Pathway网络(化学反应网络)
Pathway下分为好几种,这里需要进行分类描述

- 代谢网络  
- 代谢网络拓扑结构预测及功能预测
 - 多物种亲缘关系分析(代谢网络与系统发生分析)
 - 代谢网络的功能与进化性
 
 - 信号转导
 
- 代谢网络  
 结合图论
pathway的重构
— 这里面涉及到的算法,选择性的提及。这里面好像没有和图论相关的知识点,吉林大学关于Pathway预测的文章
蛋白质相互作用
- 预测
 - 模体识别
 





