整体框架
按照主题进行分类，需要和植物进行一些关联。
黄老师发了很多关于因果关系的文章，但都是和真实的数据有关系，（类似基因共表达网络，）现在的pathway分析是没办法使用的。在写综述的时候可以不考虑这些，先把内容写进去，
阅读5篇相关博士论文，确定网络分析应用的领域
基因调控网络
- 共表达的方法（WGCNA）
- 基于监督学习的方法
- 基于图论的方法
- 基于信息论的方法
Pathway网络（化学反应网络）
Pathway下分为好几种，这里需要进行分类描述
- 代谢网络
- 代谢网络拓扑结构预测及功能预测
- 多物种亲缘关系分析（代谢网络与系统发生分析）
- 代谢网络的功能与进化性
- 信号转导
- 代谢网络
结合图论
pathway的重构
— 这里面涉及到的算法，选择性的提及。这里面好像没有和图论相关的知识点，吉林大学关于Pathway预测的文章
蛋白质相互作用
- 预测
- 模体识别